《本草纲目》最值得研究的不是它收了多少药，而是它的编排法。在印刷时代，编排法决定了知识能不能被反复调用。
先看分类。十六部六十类遵循一条原则：从微至巨、从贱至贵——水火土先，金石次，草木居中，虫鱼禽兽在后。这与同期植物学分类相比当然粗糙，但它确立了「按自然属性归类」而非「按功用归类」的思路。按功用分类，查得到药；按属性分类，才看得出系统。
再看著录项。每药固定回答八问，其中「发明」把作者意见与旧说分列，「正误」把辨伪结果单列。读者由此可立刻分辨「这是前人说的」还是「这是李时珍的判断」，也知道哪些旧说已被推翻。用今天的话说，它给文本加了来源标记与勘误栏。
第三是刊行条件。作者身后才刻成，说明稿本变成流通之物，还需要出资者与刻工；金陵本之后的大量翻刻则取决于市场需求。判断一部古代实用书的影响力，看翻刻次数往往比看评价更可靠。
可追的问题有三个。一，把「正误」所纠各条与所据前代本草逐条对照，看辨正的准确率与依据来源。二，「发明」中属作者判断的条目有多少，与沿袭旧说者比例如何，可藉此估量其原创性的实际分量。三，明清各翻刻本的内容差异，尤其附方与药图的变化，可做一份版本谱系。